本视频讲解了ADMET Predictor版本13.0新功能的要点：HTPK模拟模块新增了犬、猴物种模型及6个专属性质预测模型，优化可视化功能（支持溶解/吸收/生物利用度曲线叠加）并扩展参数敏感性分析范围；性质预测模型重构水溶性模型（基于4,900个化合物数据），首次应用XGBoost算法提升分布容积与大鼠急性毒性模型精度，新增5个啮齿类急性毒性模型；功能扩展涵盖AIDD设计模块（集成亿级专利骨架检索与合成可行性评分）、原子级质子化状态分析及Linux系统全兼容支持。部署方面变更为Reprise授权系统（支持云端许可），增强API数据加密与HTPK实验数据映射能力。新版本通过机理模拟与机器学习融合（如PK50值分析、Delta模型），实现从早期化合物设计到PK优化的全链条药物研发支持。

David Miller 博士

Simulations Plus公司副总裁，主管化学信息学

斯坦福学士，加州大学旧金山分校博士

超过20年化学信息软件的编程、开发与应用经验，2005年加入美国Simulations Plus，带领团队开发了ADMET性质预测软件、药物设计软件等，根据全球制药企业、学术单位的反馈不断完善机器学习的方法。

1. ADMET Predictor核心模块概述

• 性质预测：理化性质、转运体、代谢、毒性、药物性肝损伤、ADMET风险系数。

• PBPK模拟（HTPK）：预测口服吸收率（%Fa）、生物利用度（%Fb）、药代参数（Cmax, Tmax, AUC, CL, T1/2）、血浆浓度-时间曲线、组织分配系数（Kps）、参数敏感性分析。

• 模型搭建：基于分子/原子描述符，支持回归/分类模型、不确定性分析及Delta模型。

• 化学信息学：化合物设计（AIDD）、3D虚拟筛选、骨架聚类、R基团分析、匹配分子对。

2. ADMET Predictor 13.0 新功能与优势

2.1 新增的HTPK物种

新增物种：狗（Dog）和猴（Monkey）的生理学模型。

2.2 对应的新增模型：

dog_fup%（狗血浆蛋白游离分数）

mky_fup%（猴血浆蛋白游离分数）

CYP_DLM_CLint（狗肝微粒体清除率）

CYP_MKYLM_CLint（猴肝微粒体清除率）

HEP_dCLint（狗肝细胞清除率）

HEP_mkyCLint（猴肝细胞清除率）

优势：扩展临床前物种覆盖，提升跨物种PK预测准确性。

2.3 水溶性模型提升

数据基础：整合Avdeef专著中3,490个化合物的固有溶解度数据，结合原有数据，构建包含4,877个数据点的精选数据集。

新模型：S+Sw（纯水中固有溶解度）、S+pH_Satd（饱和溶液pH值）、S+S_pH（指定pH下的溶解度）、SolFactor（盐溶解度因子）、2D/3D版本的固有溶解度模型（S+S_Intrins）（神经网络）。

预测精度显著提升（如2D模型R²=0.89，RMSE=0.70 log单位）。

2.4. 熔点模型（S+MP）

数据来源：基于Avdeef专著的3,449个化合物熔点数据。

作用：作为晶体稳定性的关键指标，显著提升溶解度模型准确性。

2.5. 模型重训练与新增毒性模型

XGBoost优化：

重新训练现有模型Vd（分布容积）和Rat_Acute（大鼠急性毒性），提升预测性能。

新增啮齿类急性毒性模型：

覆盖小鼠、兔、豚鼠口服毒性、兔皮肤毒性、大鼠吸入毒性。

数据源：EPA ToxValDB 9.4数据库。

Delta模型应用：通过误差校正提升跨物种毒性预测（如豚鼠→大鼠）。

2.6  图形界面（GUI）增强

S+pK50列：显示酸/碱基团质子化中点值（pK50），反映真实酸碱性。

原子级质子化可视化：生成分子在指定pH下的质子化状态图像。

外部脚本调用：支持Python/R等脚本集成，灵活扩展分析流程。

2.7  人工智能驱动的药物设计（AIDD）升级

新颖性（Novelty）：基于690万专利骨架数据库（ECFP6+FAISS索引），最小化相似性以促进创新。

合成可行性（Synthetic Feasibility）：替换旧模型，基于AIZynthFinder数据训练（>40万化合物），更准确评估合成难度。

3D相似性增强：支持排除体积特征（excluded-volume）的3D药效团搜索。

可保存Top-N对齐结构，提升虚拟筛选效率。

2.8. 命令行与REST API增强

Linux支持图像生成：兼容Ubuntu/RHEL系统（需Qt库）。

新工作流：HTPK参数敏感性分析（批量处理）、pKa实验值与预测值匹配（GUI同等功能）、新增-cpt+参数：输出溶解/吸收/生物利用度曲线。

REST API优化：支持按模块名预测性质（如"PCB"或"MET"）、新增/deletejobfiles接口清理任务文件。

2.9. License系统的更新

Reprise许可系统：替换Flexera，支持云许可，无需本地服务器；v12/v13共用许可。

2.10 新增Linux安装包

提供Ubuntu 及RHEL 8/9专用安装包。

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